Le Bujinkan regroupe les connaissances acquises au fil des siècles par neuf écoles de ninjutsu et de samouraï, qui avaient chacune au moins une spécialité.

Écoles de samuraï :

• Gyokko Ryû Kosshijutsu (XII^ème siècle),
• Koto Ryû Koppôjutsu (XII^ème siècle),
• Shinden Fudô Ryû Dakentaijutsu (XII^ème siècle),
• Gikan Ryû Koppôjutsu (XVI^ème siècle),
• Kukishinden Ryû Happô Hikenjutsu (XIV^ème siècle),
• Takagi Yôshin Ryû Jûtaijutsu (XVII^ème siècle),

Écoles de ninja :

• Togakure Ryû Ninjutsu (XIème – XII^ème siècle),
• Gyokushin Ryû Ninpô (XVI^ème siècle),
• Kumogakure Ryû Ninpô (XVI^ème siècle).